Millaista on tehdä syvärit perustutkimuksen parissa?
Perustutkimus on keskeinen osa lääketieteen kehityskulkua. Sen avulla muodostetaan uusia hypoteeseja, opitaan ymmärtämään solutason mekanismeja ja tavoitellaan uusia ideoita, jotka voivat tulevaisuudessa jalostua uusiksi hoitokeinoiksi. Lääketieteellinen perustutkimus on monipuolinen, poikkitieteellinen ala, jossa tutkijoiden koulutustausta ja käytetyt menetelmät vaihtelevat laajasti. Koska lääkis ei ollut minulle itsestään selvä valinta, olin iloinen päästyäni näinkin varhaisessa vaiheessa opintoja sukeltamaan myös luonnontieteiden soveltavan tutkimuksen maailmaan. Esimerkiksi oman syväriaiheeni parissa työskentely yhdisteli kemian perusosaamista sekä biologiaa lääketieteeseen.
Miten päädyin aiheen pariin
Syväriaiheeni (eturauhassyövän solusignalointi) pariin päädyin sattumusten kautta. Ensimmäisen opiskeluvuoteni jälkeisen kesän muiden aikataulujen selvittyä tajusin, että pystyn tarttumaan mahdollisuuteen tutustua perustutkimuksen molekyylilääketieteen tutkijalinjan kesäharjoittelussa. Hakuaikaa ei tuolloin ollut paljon jäljellä, eikä monissa ryhmissä ollut enää tilaa, joten kyselin paikkaa useista itseäni vähänkään kiinnostaneista ryhmistä. Lopulta vain yhdellä ryhmällä oli mahdollisuus minut ottaa, joten valinta oli tehty puolestani.
Alun perin ajatukseni oli tehdä ryhmässä vain se kuukauden harjoittelu, mutta lopulta päädyin jatkamaan aloittamani kokeet valmiiksi ryhmäni artikkelia varten. Samalla sain kasaan datan omaa syväritekstiäni varten. Vaikka eturauhassyövästä ei toistaiseksi tullut omaa lempilastani, pääsin kuitenkin tutustumaan monipuolisesti solutason tutkimusmenetelmiin ja sain kokemusta labratyöskentelystä. Tulevaisuudessa opeista on varmasti hyötyä minkä tahansa solutason aiheen parissa. Mielestäni aiheen valinnasta ei siis kannata tehdä itselleen kynnyskysymystä. Hiljattain aiheen valinnan ja ylipäänsä projektin löytämisen avuksi on tullut myös Duodecimin Tutkijaportti-yhteisö.
Syöpäsoluja kasvattamassa
Syväriprojektissani kasvatin syöpäsoluja kasvatusmaljoilla solulabrassa ja tein niille viikon mittaan erilaisia hoitoja. Sitten valmistin soluista näytteet, joista pystyttiin visuaalisesti ja kvantitatiivisesti tutkimaan Western blot -menetelmän avulla tiettyjen proteiinien ilmenemistä hoitojen aikana. Nykyään yhteinen konsensus perustutkimuksessa on, että sama koeasetelma on toistettava kolmesti, ja mikäli tulokset ovat yhtenevät, niitä voidaan pitää luotettavina.
Perustutkimusta laboratoriossa kutsutaan kuvaavasti märkälabraksi. Käytännössä se tarkoittaa työskentelyä elävien organismien parissa. Märkälabra sisältää lukuisten reagenssien käsittelyä, työskentelyprotokollia, paljon pipetointia ja usein myös kuvantamista. Ainakin Turun yliopistossa lääkisopintojen ensimmäisen vuoden syksy sisälsi pakollisia harjoitustöitä, joissa tutkittiin mm. omia verinäytteitä. Nämä harjoitukset sytyttivät itselleni kiinnostuksen kipinän märkälabratyöskentelyyn.
Labratyöskentelystä tekemistä lukemisen ja kirjoittamisen oheen
Kädentaidot ovat keskeinen osa märkälabraa. Niitä ei kannata kuitenkaan säikähtää, koska tekemällä oppii ja oivaltaa, ja ainakin itse sain hyvän perehdytyksen ja neuvoja aina, kun tarvitsin. Suosittelenkin perustutkimusta erityisesti niille, jotka haluavat käytännönläheistä tekemistä lukemisen ja kirjoittamisen oheen. Lisäksi kun pääsee soveltamaan artikkeleissa käytettyjä menetelmiä käytännössä, artikkelien ymmärtäminen helpottuu huomattavasti.
Näytteiden ja datan säilöntä on keskeinen osa labratyöskentelyä, koska dataan joutuu jatkuvasti palaamaan. Tämä on myös suuri haaste, koska alussa ei vielä oikein hahmota, mikä olisi fiksu tapa säilöä tietoa. Hyvien päiväkirjamerkintöjen ja itselle selkeän datan tallennusjärjestelmän merkitystä ei voikaan liiaksi korostaa. Niihin kannattaa panostaa alusta asti, jotta pystyy myöhemmin kirjoittamaan auki tutkimusprotokollan sekä tulokset.
Vaikka tulkitsin omaa dataani osin myös tilastomatematiikan keinoin, luulen syväriprojektini sisältäneen vähemmän tilastolaskentaa kuin työskentely kliinisemmän aiheen parissa sisältäisi. Toki myös perustutkimuksessa on mahdollista hyödyntää hyvinkin paljon omaa IT- ja tilasto-osaamista sekä perehtyä tekniseen kuvantamiseen.
Työskentely labrassa oli alkuperehdytyksen jälkeen melko itsenäistä. Moneen asiaan oli olemassa hyvät ohjeet, mutta työskennellessä oppi kantapään kautta jatkuvasti myös kirjoittamatonta, hiljaista tietoa. Itsenäisen työskentelyn etu ja kirous on aikataulutus, jonka sain vapaasti itse suunnitella. Jouduin siis kantamaan vastuun siitä, että kokeet tulevat tehdyksi – myös silloin, kun niitä joutuu tekemään uudestaan jonkun mentyä pieleen.
Oma näkökulmani syvärien tekemisestä on toki yksipuolinen, mutta mielestäni märkälabratyöskentely kaikkiaan monipuolisti syväriprojektia. Jos siis perustutkimus ja märkälabra yhtään kiinnostaa, suosittelen lämpimästi hyödyntämään syvärit mahdollisuutena testata, olisiko perustutkimus oma juttu!
Anni Lumiainen, toisen vuoden opiskelija, Turun yliopisto
Tutkijaportin vinkki: Näin löydät oman aiheen ja ohjaajan